移动式水体DNA过滤装置在从大量水的过滤（流淌或停滞）中回收水生生物的DNA方面非常有效。只需对池塘、溪流和湖泊等水体进行采样、过滤，就可以有效捕获水生生态系统中的这部分DNA。过滤胶囊过滤器可用于高浊度水，过滤水量可达100升。