eDNA在识别水生物种方面具有优势，但由于该方法固有的复杂性，其应用在很大程度上仍在评估中。每个步骤都可能引入错误和偏差，包括样品收集，DNA提取，DNA扩增，高通量测序和生物信息学管道。在水生生态系统中应用eDNA方法时，应考虑一些因素，并且需要强有力的实验设计，以提高对从eDNA调查中获得的结论的信心。
两栖动物经常栖息在混浊的环境中，例如农业池塘或浅水湖，由于减少，eDNA 的采样具有挑战性与高沉积物负载堵塞过滤器相关的过滤方法的性能。浑浊水域中 eDNA 研究的效率仍然鲜为人知，很少有研究解决这些环境中生物多样性评估的困难。由于表面积大，胶囊式ENDA过滤器可以过滤大量体积并有助于克服堵塞问题。
对于胶囊式过滤器，使用采样泵送水。便携式水生态EDNA捕获器在从大量水的过滤（流淌或停滞）中回收水生生物的DNA方面非常有效。只需对池塘、溪流和湖泊等水体进行采样、过滤，就可以有效捕获水生生态系统中的这部分DNA。过滤胶囊过滤器可用于高浊度水，过滤水量可达100升。
